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对种子、苗木和无性繁殖材料以及在发病早期对植株进行快速准确地检测尤为重要。目前国内外马铃薯病毒分子检测技术的研究,主要涉及以蛋白质和核酸为基础的检测方法。以蛋白质为基础的检测方法主要根据免疫学原理,包括酶联免疫吸附反应测定法、直接组织斑免疫测定法和胶体金免疫层析法。以核酸为基础衍生的检测方法较多,主要有RT-PCR检测技术、免疫捕捉-RT-PCR检测技术、核酸杂交检测技术、指示分子NAS-BA技术、实时荧光定量PCR技术和基因芯片技术。