一种基于氨基酸物理化学性质上的DNA序列图形表示及相似性分析

来源 :中国海洋大学学报:自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户:MUWANG
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基于氨基酸的物理化学性质,将氨基酸分为4类,疏水,带电荷,有极性,甘氨酸,在此基础上给出DNA序列一种新的图形表示方法:将1列DNA序列表示为二维空间中的3条特征曲线,利用计算C(i,j)矩阵的主特征值,给出DNA序列的3维特征向量,得到相似距离矩阵。最后计算10种不同物种β-球蛋白第一段外显子的欧式空间距离矩阵D(i,j),并利用UPGMA算法给出了这10种不同物种基于这种相似关系的系统发生树。
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