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运用ISSR分子标记法对中、日两国5个岛屿天然山茶种群共150个个体进行遗传多样性分析。结果表明：筛选出的20条引物扩增得到205条清晰条带，其中183条为多态性条带，多态位点百分比（PPB）为89．27％。经POPGENE软件分析，山茶种群平均多态位点百分比（PPB）为72．00％，Nei＇s基因多样性指数（HE）为0．2743，Shannon信息多态性指数（H）为0．4023，种群水平遗传多样性较高。基因分化系数Gst=0．2033，表明遗传变异主要存在于种群内个体间。Mantel检验（r=0．798