Shotgun法测序制备高纯度水稻基因组DNA的方法探讨

• 作 者: 杨继良 王辉 王庆华 李军 刘斌 金德敏 王斌
• 机 构: 中国科学院遗传与发育生物学研究所,中国科学院北京基因组学研究所,山东大学生命科学院,中国科学院遗传与发育生物学研究所
• 出 处: 生物化学与生物物理进展
• 发表日期: 2003年5期
• 关键词: Shotgun法 测序 水稻 基因组DNA 纯化 rice genomic DNA shotgun sequencing

在用散弹(shotgun)法测定水稻(Oryza sativa L．ssp．indica)基因组全序列的过程中，叶绿体和线粒体DNA的污染问题非常严峻。应用脉冲场电泳(PFGE)技术对水稻基因组DNA进行纯化，结果表明它能够有效去除叶绿体和线粒体DNA，使其污染率从3％降低到0．2％。同时，比较了水稻绿苗和黄化苗的DNA得率，以及HB法和NIB法制备大分子质量(HMW)DNA的异同。最后提出一套制备水稻基因组DNA的方法，包括黄化苗培养；细胞核的分离、包埋和裂解；脉冲场电泳纯化、回收聚集在低熔点(LMP)