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东昆仑－阿尼玛卿地区早二叠世古海洋自北而南可分为东昆仑半局限海、托索湖－花石峡礁岛链和阿尼玛卿洋三部分。托索湖－花石峡礁带的主体由块状的礁相灰岩和生物碎屑灰岩所组成；东昆仑南坡半局限海中以短轴型的礁岛或碳酸盐建隆及相对较深的岛间盆地相沉积为特征；阿尼玛卿洋中则主要以深海软泥及放射虫硅质岩沉积为主，同时也点缀一些碳酸盐建隆高地。东昆仑南坡半局限海中的礁岛及碳酸盐建隆在分布上缺乏明显的规律性，但该区生物礁较发育。阿尼玛卿洋中碳酸盐建隆的规模小、分布零星、生物礁相对不发育，但这些碳酸盐建隆在面上多呈断续的串珠状