基于高通量测序技术的藏系绵羊瘤胃与粪便微生物群落结构差异分析

• 作 者: 王循刚 徐田伟 刘宏金 胡林勇 张晓玲 耿远月 赵娜 徐世晓
• 机 构: 中国科学院西北高原生物研究所,中国科学院大学
• 出 处: 西北农业学报
• 发表日期: 2020年5期
• 关键词: 高通量测序 藏系绵羊 瘤胃 粪便 微生物 High-throughput sequencingTibetan sheepRumenFecesMicrobiota
• 基金项目: 中国科学院“西部青年学者”B类项目(2017),青海三江源生态保护和建设二期工程科研和推广项目(2018-S-2),国家重点研发计划项目(2016YFC0501905,2016YFC0501805),中国科学院战略先导A类项目(XDA20050104),青海省科技创新平台建设项目(2017-ZJ-Y20)

为探究藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物群落结构特征及差异,以5只6月龄体况相近及体质量为(21.50±0.59)kg的藏系绵羊为研究对象,分别采集其瘤胃液和粪便样品,利用高通量测序技术对16S rRNA基因V3-V4区段进行测序和生物信息学分析。结果表明,从藏系绵羊瘤胃液和粪便10个样品中共获得729326条原始序列,经过滤后平均每个样品产生(64145±320)条优化序列,平均长度(435.20±2.78)bp,聚类后共得到1207个OTU。藏系绵羊瘤胃微生物的Chao 1指数和