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南京医科大学病理生理学系为1955年国内首批建立的病理生理学科之一，1981年成为国务院学位办首批硕士学位授予点，2000年成为博士学位授权点，2001年成为基础医学博士后科研流动站的主要学科1988年被原江苏省教委遴选为重点学科，1993年成为首批江苏省重点学科，并在“十五”和“十一五”期间被连续遴选为江苏省重点学科，2007年被遴选为国家重点（培育）学科：