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根据１９９５～１９９９年同安湾海域的水质监测资料，对海域的水质状况进行了评价和营养分级，结果表明，海域水质处于高Ｎ低Ｐ状态。ｐＨ、ＤＯ、ＣＯＤＭｎ、和ＢＯＳ５＊符合ＧＢ３０９７－１９９７第二类海水水质标准，但ＤＩＮ、石油类和ＤＲＰ超第二类海水水质标准。ＤＩＮ和石油类的超标率和超标倍数有逐年增强之势。该海域目前处于Ｐ中等限制潜在富营养水平阶段。