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学院制作为当前我国高校内部管理的主要模式，其发展过程中存在诸多问题，其中学院内部权力配置不合理成为制约学院发展的瓶颈，主要表现为：学院内部行政权力与学术权力产生矛盾、学院专业设置不合理、学院理财权和人事管理权缺乏独立性。为了学院制的稳健发展，应进一步营造良好的学院外部治理环境，构建学院多中心协同治理机制，下移高校管理重心，设置专业化职能机构。