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基层疾控机构的微生物实验室肩负着为卫生监督提供技术支持，为卫生行政部门制定疾病防控策略与措施提供数据，为政府处理各种突发公共卫生事件提供依据，为群众日益增长的卫生需求提供服务等重大职责。故其必须要保证所提供的数据准确、可靠。这就需要对实验室内所进行的活动开展质量控制，保证其工作符合质量标准。基层疾控系统微生物实验室主要通过检验前、检验中、检验后室内质量控制和室问质量控制来实现。