突变型与野生型胃肠道间质瘤基因筛选及信号通路分析

• 作 者: 何毅刚 石鑫 于建平 王婧 张亚男 刘宏斌 陈为凯
• 机 构: 中国人民解放军联勤保障部队第940医院,泸州市人民医院普通外科,甘肃省干细胞与基因药物重点实验室,甘肃中医药大学临床医学院
• 出 处: 医学研究杂志
• 发表日期: 2020年4期
• 关键词: 胃肠道间质瘤 差异基因 基因本体 信号通路 生物信息学 Gastrointestinal stromal tumorsDifferential genesGen
• 基金项目: 国家科技部、财政部科技惠民计划项目(2012GS620101),甘肃省自然科学基金资助项目(1506RJZA309),甘肃中医药大学研究生创新基金资助项目(2019CX35、2019CX29)

目的筛选参与调控KIT/PDGFRA野生型胃肠道间质瘤(WT-GIST)发生、发展的关键基因及其信号通路,探索WT-GIST潜在的分子标志物。方法下载来自GEO数据库GSE17743、GSE20708、GSE1325423个GIST基因芯片数据集。合并3个芯片的基因表达矩阵、对其进行标准化处理并去除合并矩阵的批次效应、应用主成分分析检测其标准化情况后,将3个芯片中WT-GIST样本与KIT/PDGFRA突变型GIST(MUT-GIST)样本进行联合生物信息学分析,确定两组间差异表达基因(DEGs),并利用