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合成杀藻剂由于选择性差、在环境中残留期长、容易造成二次污染等原因，在控制有害蓝藻水华上受到限制。微生物源天然产物因其环境友好、选择性强，成为合成杀藻剂的潜在替代者。几十年来，从微生物代谢产物中发现了包括蛋白质、多肽、氨基酸和抗生素等各类溶藻化合物。本文对这些溶藻化合物及其产生菌、溶藻活性、溶藻范围和部分作用机理进行综述，并介绍了它们在蓝藻水华防治中的应用潜力。