【摘 要】
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目的以具体实验数据为例探讨在使用RNA测序技术时如何选择恰当的数据处理方法。方法以左归丸作用于高糖负荷的小鼠胚胎的转录组数据为例,分别运用目前通过转录组数据进行差异
【机 构】
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山西中医学院,阿德莱德大学分子和生物医学科学学院,北京中医药大学
【基金项目】
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国家国际科技合作专项项目基金资助(2012DFA31330)
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目的以具体实验数据为例探讨在使用RNA测序技术时如何选择恰当的数据处理方法。方法以左归丸作用于高糖负荷的小鼠胚胎的转录组数据为例,分别运用目前通过转录组数据进行差异表达基因分析常用的cuffdiff、DESeq-2、edgeR 3种数据处理方法对数据进行了处理。结果不同的数据处理方法得到的差异基因数及后续的分析结果均出现了明显的不同。纵使基于共同的计算理念,参数选择的不同除了导致差异基因数的不同之外,差异基因在组间的差异程度上也会受到很大影响。这种差异会导致对相应研究目的的阐释出现偏差。结论在运用生物信息
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