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蓝藻易在湖面和池塘快速和大面积爆发。一般估计40％～70％的蓝藻菌在细胞死亡后会向水中释放细胞内产生和储存的病毒。目前，人们对导致蓝藻爆发的机理还没有完全弄清楚．但主要因素有：高度富养（硝酸盐、磷）；水酸度低（低CO2）；高温；强光照度；水流停滞。因此，蓝藻爆发往往发生在5—9月份，即水流缓慢和高水温季节。