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城市创新环境是创新型城市的基础和载体。本文从政府的管理模式、企业集聚及国际化规模、创新文化及路径选择等三个方面对南京和深圳这二个城市创新环境进行了比较研究,指出优化城市创新环境应从完善公共创新环境、加强创新政策的协同性与集成度,密切创新环境与产业集群之间的联系程度,提高企业的自主创新能力和产业集群的生命力等几个方面来进行。