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由于原核细胞mRNA3＇端不存在ploy（A）结构,因而原核细胞DDRT-PCR引物设计不同于真核细胞。尽管不能根据oligo（dT）设计引物,但利用全基因中高度分散重复的短序列或回文序列却能有效克服mRNA分子结构的影响,最大限度地扩增全长cDNA;并且这2种引物设计方法还可以提高RNA指纹图谱的重复性,降低反应的假阳性,从而为原核细胞DDRT-PCR引物设计提供新的思路。