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汉武帝以后儒家思想被确立为中国古代官方学说。当时由于古文版儒家经典的出现，有些儒者开始对今文经典以及今文经学家的治经方式产生质疑，今、古文经学家的争论由此而始。西汉末年，今古文经学家争论的焦点在于是否给予《左氏传》官学地位。这一阶段的论战虽然以古文经学的失败而告终，但《左氏传》的地位得以提高。东汉初期，光武帝设立《左氏传》博士，《左氏传》的地位得到官方承认。东汉中后期，古文经学家郑玄遍注群经，取得了这场论战的胜利。