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生物序列数据是生物信息数据中重要的一部分，研究生物序列解读其隐含的生物学意义是生物信息学研究的热点和难点。数据挖掘是当前分析大规模数据的有效工具之一，已广泛应用于分析生物序列数据，并取得了许多研究成果。文章综述了生物序列数据挖掘的关键技术，包括序列比对算法、DNA序列模式挖掘、关联、分类、聚类分析、RNA二级结构预测、蛋白质序列分类和聚类分析，最后展望未来研究方向。