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中医有着独立而完整的健康理论和诊疗体系，相比西医，中医缺乏客观、精确的诊疗指标，更多依靠医生的主观感受和个人经验。中医HIS系统也与西医有着不同的需求，HIS系统在中医院实施时需要做大量的客户化开发，有操作方式上的修改，如开发单独的中药开立界面和处方模版系统；也有中医院特有流程的优化，如中药小包装、中药代煎的处理；还有针对中医特色新开发的模块，如针灸推拿治疗系统、中药炮制制剂系统等。