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浙江医药高等专科学校的前身为创建于1984年的浙江省医药学校，1999年12月浙江省政府批准筹建浙江医药职业技术学院，2002年2月经国家教育部批准正式建立浙江医药高等专科学校，成为全国最早独立设置、浙江省惟一一所医药类专科层次的国家公办高等院校。行政隶属省食品药品监督管理局，教育业务管理隶属省教育厅。