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由于深受时代背景、家庭环境等诸因素的影响，司马迁的学术思想与儒学有着极密切的关系，而其所著《史记》，无论从体例的编撰、篇章的设立，还是对人物、事件的评价，以及取材的依据和史料的鉴别，都是以儒家思想为标准。但这并不意味着司马迁对儒学的盲从，而是有所突破，形成了自己一套独立的思想体系，最终“成一家之言”。