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荧光原位杂交是在分子水平上检测外源染色质的一种有效方法。该技术在研究植物分子细胞遗传学、基因扩增、基因作图及植物进化和亲缘关系的鉴定上已广泛应用。本文简要介绍了荧光原位杂交探针类型、探针标记方法和染色体制片技术等，概述了荧光原位杂交技术在构建植物基因组物理图谱，功能基因定位，远缘杂种的鉴定及外源染色质的检测，减数分裂时期染色体行为研究和探讨种的起源中的应用与展望。