基于结构的肽脱甲酰基酶抑制剂的虚拟筛选及活性研究

• 作 者: 董国霞 姜威 司书毅 易红 张月琴
• 机 构: 中国食品药品检定研究院,中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所
• 出 处: 中国抗生素杂志
• 发表日期: 2012年1期
• 关键词: 肽脱甲酰基酶 虚拟筛选 分子对接 抑酶活性 抗菌活性 Peptide deformylase Virtual screening Molecular docki

目的通过计算机虚拟筛选寻找肽脱甲酰基酶（Peptidedeformylase，PDF）的小分子抑制剂。方法从PDB（ProteinDataBank）数据库中获得与肠球菌（Enteroccous faecium）PDF序列相似性最高的肺炎链球菌PDF的x-射线衍射晶体结构，应用Sybyl7．3软件中的Surflex．Dock对我室微生物天然产物数据库（MicrobialNatural Products Database，MNPD）中约15000个样品进行虚拟筛选；采用高通量荧光检测法和微稀释法分别测定虚拟筛