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[目的]研究合浦珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选。[方法]采用生物素标记的5个探针，用磁珠富集法构建合浦珠母贝基因组微卫星富集文库，并对文库进行筛选、测序与引物多态性筛选。[结果]对500个克隆进行PCR筛选，测序分析发现130个克隆含有微卫星重复单元。序列比对后最终获得109个具有特异微卫星序列的阳性克隆，其中包含179个微卫星DNA结构域。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了13对能够在合浦珠母贝基因组有效扩增的微卫星引物，其中8对在种群中（n=32）具有扩增多态性，其多态信息含量PIC值在0．23