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采用ISSR分子标记技术对桂林3个居群的30份大旗瓣凤仙花样品进行遗传多样性分析，结果表明，6个被筛选到的ISSR引物共扩增出52条谱带，其中47条为多态带，多态率达90．38％，表明桂林大旗瓣凤仙花资源的遗传多样性非常丰富。居群问遗传分化系数为0．04838，基因流为2．8626，表明居群间存在较低的遗传分化，这可能主要是由其繁育特性造成的。聚类分析结果表明，采自同一产地的不同大旗瓣凤仙花样品未能严格聚合在一起，此结果可能是由于采样地地理距离较近或者花粉的传播方式所致。