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目的：了解龙岩市手足口病的病原学分布情况，为手足口病的预防控制提供依据。方法用实时荧光PT-PCR法对龙岩市2013年至2014年各哨点医院采集的手足口病疑似病例标本进行检测，对监测结果进行分析。结果共检测标本902份，其中EV71阳性91份（10.09%），CVA16阳性178份（19.73%），其他肠道病毒481份（53.33%）。发病高峰期为春夏两季。病例以0至3岁散居儿童为主，男女发病比例为2.11：1。结论我市手足口病病原组成呈C A16和其他肠道病毒交替流行的趋势，应加强对学龄前儿童的监测和对未分型肠道病毒的实验室检测。