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医疗机构实行医药分开核算、分开管理是《中共中央国务院关于卫生改革与发展的决定》的一项主要内容。2000年2月21日国办发［2000］16号转发了体改办等八部门共同制定的《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》，又作了进一步的规定：“实行医药分开核算、分别管理。可先对医院药品收入实行收支两条线管理，药品收支结余全部上缴卫生行政部门，纳入财政专户管理，合理返还，。”