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随着我国创新型国家的建设，高校承担的科研项目呈大幅增长的态势，科研经费已经成为高校资金的重要来源，其资金来源也呈现多元化、复杂化趋势。但不少高校对科研项目的立项、经费拨入、使用、结算、成果转化等流程中经费使用的合理性、经济性、效率性等，均没有完善的内部控制制度，造成科研经费监督机制不完善，管理职能缺失。导致科研经费管理问题日益显现，违法违规现象时有发生，科研腐败案件也与日剧增，严重干扰了高校正常的科研秩序。针对目前高校科研经费管理中出现的问题进行了分析，提出了做好科研经费管理的相关措施。