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本研究利用SSR标记技术分析2个玉米人工合成群体S2分子水平的遗传变异，为群体合成及自交后代的选择提供一定理论依据。结果表明，40对引物在2个群体S2中共扩增出420个等位位点，每个SSR座位的等位基因数目为3～25个，平均为10．5个。GP-5S2的多态位点数、多态位点比例、基因型数、变异系数、基因杂合度等均大于GP-4S2，表明GP-5S2入选株系的遗传变异较GP-4S2大。遗传距离比较表明，不同群体S2间平均遗传距离大于群体内株系间平均遗传距离，群体内株系间平均遗传距离又远远大于株系内个体间平均遗传