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区域发展战略和主体功能区建设良性互动可以打破行政区分割,促进区域协调可持续发展,实现区域经济与人口分布、环境承载力三者的空间均衡。本文认为,区域发展战略与主体功能区建设互动需要处理好行政区与功能区、区域功能与主体功能、经济发展与生态保护、政府与市场等四大关系,同时需要解决异质区域同质化管理、地区发展权不平等、环境外部性和生态产品定价等问题,并提出相应的对策建议。