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针对相控阵雷达中某些具有复杂PRI调制样式的工作模式难以准确识别的问题，提出一种通过提取PRI序列变化规律来进行辐射源识别的方法。该方法借鉴了脉冲样本图的模型以及生物信息学中基因序列比对的动态规划思想，较好地解决了某些复杂PRI调制样式不好描述，以及相控阵雷达中一个完整工作模式包含脉冲序列长度太短，以致很难通过统计的方法对其进行准确识别的问题。仿真结果表明该算法的有效性，而且在存在脉冲丢失和干扰脉冲的情况下具有稳健性。