【摘 要】
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目的 通过生物信息学方法研究蛇床子素作用乳腺癌细胞的潜在分子机制.方法 从基因表达数据库(GEO;GEO accession:GSE85871)下载对照组和蛇床子素处理组的MCF-7乳腺癌细胞基因
【机 构】
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南京医科大学基础医学院,江苏 南京 211166;南京医科大学附属无锡妇幼保健院妇产科,江苏 无锡 214000
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目的 通过生物信息学方法研究蛇床子素作用乳腺癌细胞的潜在分子机制.方法 从基因表达数据库(GEO;GEO accession:GSE85871)下载对照组和蛇床子素处理组的MCF-7乳腺癌细胞基因表达谱.采用生物信息学方法进行系统分析:采用Limma包分析组间差异表达基因(DEGs);采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)对DEGs进行功能注释;应用STRING数据库构建DEGs之间的蛋白质-蛋白质互做(PPI)网络;应用Cytoscape 3.7.0软件对PPI网络可视化并筛选关键(hub)基因;应用TIMER数据库评估hub基因表达与肿瘤纯度和免疫细胞浸润之间的关系.结果 2组间共提取697个DEGs,其中453个基因上调,244个基因下调.DEGs主要富集于破骨细胞分化、神经活性配体-受体相互作用、趋化因子信号通路等信号通路.PPI网络构建与热点基因筛选保留得分前10的hub基因.通过进一步生物信息学分析和实验验证,蛇床子素可以上调抑癌基因鸟嘌呤核苷酸结合蛋白γ-7(GNG7).除5-羟色胺受体5A(HTR5A)外,均与肿瘤纯度呈负相关;趋化因子(C-X-C motif)受体4(CXCR4)、CXCR2、趋化因子(C-C motif)受体4(CCR4)等6个基因与免疫细胞浸润呈现高度相关性.结论 推测蛇床子素可能通过趋化因子信号通路调节免疫细胞浸润来发挥其对乳腺癌MCF-7细胞的作用.
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