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针对卷积神经网络FPGA加速器的资源分配与频率设置欠佳导致吞吐量受限的问题,提出一种面向吞吐量优化的自动化设计方法.首先将加速器的设计分为并行策略和频率设计,提出总体设计流程;然后将设计空间探索建模为线段分割问题,采用遗传算法及贪心算法求解;最后根据求解出的并行策略完成加速器的结构设计,根据求解出的预期运行频率对加速器的布局布线优化,使实际频率可以达到预期.对AlexNet及VGG-16模型在目标器件AlteraDE5a-Net的设计实验结果表明,文中方法能有效地提升资源使用效率并给出合理频率设置;