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为有效利用和整合科教资源，构建合肥市区域科技创新体系，提升合肥市的核心竞争力，实现区域经济跨越发展，2003年11月，安徽省政府成立合肥科学城建设领导小组。2004年2月，合肥市政府成立合肥科学城建设指挥部，明确合肥高新区管委会为建设实施主体。2004年11月，国家科技部复函安徽省人民政府同意《合肥国家科技创新型试点市实施方案》，合肥市成为全国首个科技创新试点市。自此，合肥科学城明确为国家科技创新型试点市示范区。