剑麻茎腐病菌基因组SSR标记开发

• 作 者: 吴伟怀 贺春萍 严传帝 郑金龙 李锐 郑肖兰 刘巧莲 易克贤
• 机 构: 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所/农业部热带农林有害生物入侵检测与控制重点开放实验室/海南省热带农业有害生物检测监控重点实验室,海南大学环境与植物保护研究所,中国热带农业科学院热带生物技术研究所
• 出 处: 热带作物学报
• 发表日期: 2014年4期
• 关键词: 黑曲霉 剑麻 SSR标记 Aspergillus niger Sisal Simple sequence repeat （SSR）

下载 Aspergillus niger ATCC 1015菌株全基因组序列，利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT（Simple Sequence Repeat Identification Tool），并按含有2～10个碱基重复、碱基数在18bp以上的SSR基元为标准进行SSR鉴定。结果从A．niger ATCC1015全基因组中．共发现4000个2～10碱基SSR．其中含9个碱基重复基元类型最多．共有1433个．占所鉴定SSR总数的35．8％。其次为6个碱基重复基元类型，共有753个，