【摘 要】
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目的 比较两种HIV-1耐药准种分析方法--克隆PCR产物测序法和单基因扩增法(单基因组测序法,single-genome sequencing, SGS).方法 以本室贮存的某接受高效抗逆转录病毒治疗(hi
【机 构】
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军事医学科学院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室,北京,100071
【基金项目】
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国家自然科学基金重点项目;国家自然科学基金
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目的 比较两种HIV-1耐药准种分析方法--克隆PCR产物测序法和单基因扩增法(单基因组测序法,single-genome sequencing, SGS).方法 以本室贮存的某接受高效抗逆转录病毒治疗(highly active antiretroviral therapy, HAART)的艾滋病患者的外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells, PBMCs)为样本,分别用克隆PCR产物序列测定法和SGS方法得到HIV-1 pol区准种序列,对准种序列进行离散率、耐药相关突变组合构成比等分析.结果 克隆方法得到19条pol区序列,SGS方法得到18条pol区序列.对两种方法的核苷酸和蛋白质序列的平均离散率进行成对样本均值分析,采用t检验,P值(单尾)为0.311,差异没有显著性意义;两种方法检测出各种突变组合构成比的2检验结果,P>0.25,差异也没有显著性意义.但是,准种中占较少比例的突变模式在两种方法检测的结果不一致,如T215Y/K103N/Y181C/H221Y以及M41L/F116L/T215Y/K103N/Y181C/H221Y两种突变组合模式只在克隆方法中检测到,而携带M41L/A62V/T69Si/T215Y/A98G/K103N/Y181C以及K103N突变的两种毒株仅在SGS方法中出现.结论 两种分析HIV-1耐药突变准种方法检测该例样本的核苷酸序列和蛋白质准种序列无显著性差异,检出的主要突变组合的构成比也无显著性差异,对优势准种的检测中两种方法差异不大,但在劣势准种的检测中两种方法有一定差异.
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