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随着大量微生物基因组测序工作的完成,人们开始从几个方面分析"最小微生物基因组",包括天然进化的微生物小基因组(如580 kb的人类生殖道支原体),生物信息学理论推测(至少150个基因),以及基因组系统试验(如大肠杆菌最小基因组约有300个基因).发展了DNA合成、大片段拼接和基因组移植技术,"自下而上"人工全合成与表达了1.08 Mbp的丝状支原体基因组.发展了基因组精确敲除技术,在一些模式微生物和有工业应用价值的微生物基因组中进行了"自上而下"非生长必需基因的删减,如大肠杆菌基因组从4.6 Mbp减小至2.89 Mbp.这些工作推动了新一代的微生物基因组操作技术的发展,为深入理解微生物基因组的生物学功能,以及构建具有强大应用功能的简小基因组奠定了基础.