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HBV基因组各编码区都可发生变异。S区突变是苗免疫失败、肝移植后HBV再感染、形成HBsAg/抗-HBs双阳性HBV感染和HBsAg阴性/抗-HBs阳性慢性乙型肝炎的重要原因。P区突变可导致HBV复制缺陷；X区突变可能不利于HBV清除，前C突变引起的异型慢性乙型肝炎更倾向于病情进展和抗病毒治疗顽固化；C基因启动子突变可能与HBeAg阴性暴发性乙型肝炎有关。