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在教育经费投入进入"后4%时代"背景下,高校可用财力不足和大量资金沉淀的问题并存,零基预算作为一种改善预算的模式被引入高校管理中。文章基于A大学2016—2019年校级预算改革数据,运用CITS模型评估发现零基预算改革显著推进了全年预算执行进度,但预算规模扩张问题和支出习惯并未明显改善,零基预算改革面临院校两级事权财权不统一、预算工作量大、绩效预算评价不足的问题。鉴于此,为进一步健全高校预算管理,应推进院校两级预算和收入分配政策,加快财务信息化建设,打破数据孤岛,采取零基预算、全面预算与绩效预算相结合的方式,协同提升高校预算资金效率。