运用生物信息学初步筛选食管鳞状细胞癌的预后标志物

• 作 者: 翁名相 黄宁宇 施迎迎 林文波 黄宁宁 林高民
• 机 构: 福建医科大学附属厦门弘爱医院,福建厦门361006;厦门大学生命科学学院,福建厦门361102;厦门大学生命科学学院,福建厦门,361102;厦门大学附属妇女儿童医院,福建厦门,361003;福建医科
• 出 处: 海峡预防医学杂志
• 发表日期: 2019年6期
• 关键词: 食管鳞状细胞癌(ESCC) 生物信息学 基因表达 预后标志物

目的 从基因表达水平对食管鳞状细胞癌(ESCC)进行研究,包括鉴别差异表达的基因和寻找预后标志物,以监测癌症的预后和治疗效果.方法 以TCGA数据库中RNA-seq数据为基础,采用基因芯片统计学意义分析(SAM)寻找差异表达基因(DEGs),应用DAVID生物信息学等工具分析这些基因的功能;以Cox比例风险回归模型对影响生存率的基因进行鉴定,再用Kaplan-Meier法分析两组患者的生存率差异,并用对数秩检验评价其统计学意义.结果 本研究发现了4 370个差异表达基因,并通过KEGG途径富集分析确定了8条重要通路,鉴定了3个对ESCC预后有显著影响的重要基因.结论 FA T2、ZNF750和KMT2D这3个基因可作为ESCC新的预后标志物.