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根霉和酵母菌种保藏技术很多，但原理基本一致，即采用低温、干燥、缺氧、缺乏营养、添加保护剂或酸度中和剂等方法，挑选优良纯种。最好是它们的休眠体，使微生物生长在代谢不活泼，生长受抑制的环境中。常用的方法有：蒸馏水悬浮或斜面传代保藏：干燥-载体保藏或冷冻干燥保藏：超低温或在液氮中冷冻保藏等方法。根据小曲米酒的生产情况，斜面传代保藏法用的最多。