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军工科研院所的企业化转制是我国科研体制改革重要内容，是国防科研体制的制度创新，是国防科技工业军民一体化的关键所在。军工科研院所担负着国防科研任务和履行着国家安全职能，因而军工科研院所的企业化转制面临着怎样兼顾国家利益与自身利益两者关系、怎样协调军品科研与民品科研关系和如何处理军品市场特殊属性与企业法人一般属性矛盾关系等困境。为了有效地推进军工科研院所的企业化转制，需要在经费保障、转制模式、结构调整等方面制定相应的配套政策和采取一些有效的措施。