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采用多聚酶链式反应结合变性梯度凝胶电泳指纹分析技术（PCR-DGGE）对不同质量窖泥中古菌群落结构进行分析，说明了不同质量窖泥古菌种群的复杂性，再次印证了产甲烷菌是窖泥中古菌的优势菌，并在此基础上揭示了窖泥中产甲烷菌种属上的多样性。发现了以最优质窖泥为参照，窖泥质量与其古菌群落间的相似性指数总体呈正相关这一规律，为今后研究窖泥培养、养护和应用提供了理论依据。