基于NGS技术的仔猪腹泻病毒检测

• 作 者: 罗文涛 何启盖 陈芳洲 李静 周杰珑
• 机 构: 西南林业大学生命科学学院,华中农业大学农业微生物学国家重点实验室,华中农业大学动物医学院
• 出 处: 西南林业大学学报
• 发表日期: 2018年4期
• 关键词: NGS 猪 腹泻 病毒 PEDV PCV3 next-generation sequencing pig diarrhea virus PEDV PCV3
• 基金项目: 云南省优势特色重点学科生物学一级学科研究生科技创新基金第二批（50097505）资助,云南省研发经费投入补助项目 （2017YB236＆2016YB462）资助.

为探究四川某猪场反复暴发仔猪腹泻的原因，利用下一代测序技术（NGS）对该猪场的仔猪肠道样品进行检测，结合常规PCR、测序方法进行验证分析。结果表明：该猪场存在猪流行性腹泻病毒PEDV，通过对该场PEDVS1基因的进化树分析，发现该PEDV毒株属于独立的一个分支；同时还在该场病料中检测到猪圆环病毒3型（PCV3），该猪场腹泻问题可能是由于新型PEDV毒株和PCV3毒株混合感染导致。