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卫星导航系统发展不同时期、不同阶段的主钟时差信息的稳定性决定了系统时间归算效果。稳定的主钟时差信息是确保卫星导航系统不同阶段服务平稳过渡的前提。本文以卫星导航系统为例，针对两台原子钟其中一台主钟发生调频操作而导致两台主钟时差信息不平滑问题，提出了一种基于频率补偿的时差信息处理方法，以天为周期进行频率补偿后的时差信息内符合拟合精度，与外符合预报精度都得到了较好的改善，时差信息更加平滑，有利于实现卫星导航系统的平稳过渡。