【摘 要】
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朱蕉(Cordyline fruticosa)是一种常见的园艺植物,广泛分布于亚洲、大洋洲、南美洲等热带地区.为了明确朱蕉叶绿体基因组特征,了解其系统发育地位,利用Illumina测序技术对其叶绿体基因组测序后,进行中线性绘图、ENC-plot、PR2-plot和SSR位点等相关数据的挖掘和分析.结果表明:朱蕉叶绿体基因组全长154488 bp,GC含量为38％,其中大单拷贝区长85279 bp,GC含量为36.1％,小单拷贝区长20325 bp,GC含量为32.6％;双向重复区分别长24442 bp,G
【机 构】
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西南林业大学国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心,云南昆明 650224;西南林业大学西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室,云南昆明 650224;中国科学院西双版纳热带植物园综合
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朱蕉(Cordyline fruticosa)是一种常见的园艺植物,广泛分布于亚洲、大洋洲、南美洲等热带地区.为了明确朱蕉叶绿体基因组特征,了解其系统发育地位,利用Illumina测序技术对其叶绿体基因组测序后,进行中线性绘图、ENC-plot、PR2-plot和SSR位点等相关数据的挖掘和分析.结果表明:朱蕉叶绿体基因组全长154488 bp,GC含量为38％,其中大单拷贝区长85279 bp,GC含量为36.1％,小单拷贝区长20325 bp,GC含量为32.6％;双向重复区分别长24442 bp,GC含量分别为43.4％.注释得到131种基因,其中unigenes的有111种,包括了78种蛋白编码基因,rRNA基因4种和tRNA基因29种.以朱蕉与龙舌兰科中19种植物的叶绿体基因组构建系统发育树,结果显示朱蕉与蓝朱蕉(Cordyline indivisa)的亲缘关系最近.朱蕉叶绿体基因组GC3、GC1与GC2的碱基含量分别为29.47％、46.45％和39.14％,GC3的碱基含量低于GC1和GC2,说明密码子末尾偏好以A、U结尾;ENC的取值范围为35.48～59.44,表明朱蕉密码子偏好性较弱;ENC-plot分析可知ENC频数比值在-0.05～0.05之间的有20个,表明密码子偏好性主要受自然选择压力的影响;PR2-plot分析中,T>A,G>C,说明朱蕉叶绿体基因组受多种因素的影响;以RSCU值和ENC值作为参考,确定17个密码子为最优密码子.在检测到的91个SSR位点中五核苷酸最少(3个),单核苷酸最多(55个),SSR位点中以A、T(A/T、AT/AT和AAAT/ATTT)为重复单元的占76.92％.说明朱蕉叶绿体基因组SSR位点多以A、T重复单元为主.研究结果可为朱蕉乃至朱蕉属植物分类及系统进化提供理论依据.
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