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模糊聚类分析方法具有分类简单且分类结果精度较高的优点．针对基因序列分类这一具体问题，提出一种DNA序列判别特征的提取方法。这种方法考虑基因序列（DNA序列）的排序性．并根据模糊聚类分析方法得到模糊相似矩阵和其传递闭包．从而实现DNA序列的分类。仿真结果表明，这种方法能够挖掘DNA序列中的更多信息，提高分类的准确性和客观性，得到很好的结果。