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南山遗址发掘了山顶区域及3号、4号洞,山顶发掘区发现了蓄水池、墓葬、灰坑等,3号、4号洞内发现了火塘、墓葬、活动面等,出土遗物包括陶器、石器、骨器及炭化稻谷、粟、黍等。该遗址的发现填补了闽西北地区新石器时代中、晚期至青铜时代考古学文化的缺环,为探讨闽台史前文化渊源、南岛语族的起源与扩散等提供了重要资料。