猪戊型肝炎病毒黑龙江分离株SWHLJ-BXBX全基因组序列的测定与分析

来源 :黑龙江畜牧兽医 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiaoyezi422
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为了研究猪戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)黑龙江分离株SWHLJ-BXBX的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析,试验采用RT-n PCR、5’-RACE、3’-RACE方法和Megalign、MEGA 6等生物学软件对SWHLJ-BXBX的全基因组序列进行了研究。结果表明:SWHLJ-BXBX全基因组序列去除poly A后全长为7 240 bp,5’UTR有25个碱基,3’UTR全长为70 bp,ORF1编码1 707个氨基酸,ORF2编码674个氨基酸,ORF3编码114个氨基酸,进化树分析表明SWHLJBXBX属于HEVⅣd基因亚型。 In order to study the whole genome sequence of SWHLJ-BXBX in Hepatitis E virus (HEV) in Heilongjiang Province, the sequence characteristics and evolutionary relationships were analyzed. RT-PCR, 5’- -RACE method and Megalign, MEGA 6 and other biological software SWHLJ-BXBX genome-wide sequence was studied. The results showed that the full-length sequence of SWHLJ-BXBX was 7 240 bp after removal of poly A, 25 bp 5’UTR, 70 bp of 3’UTR, 1 707 amino acids of ORF1 and 674 amino acids of ORF2 ORF3 encoded 114 amino acids. Phylogenetic tree analysis showed that SWHLJBXBX ​​belonged to HEVⅣd gene subtype.
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