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肿瘤细胞DNA甲基化紊乱常表现为癌基因去甲基化和抑癌基因高甲基化，即抑癌基因功能失活是通过表观遗传调控抑制，而不是通过基因缺失或突变。既往研究在肝细胞癌中p16、SOCS-1、TFPI-2、E—cadherin、RASSF1A和NORE1B等抑癌基因常常表现为高甲基化状态，这些基因的高甲基化状态与肝细胞癌的发生、发展关系密切。